屏幕方面，iPhone6s搭载的是4.7寸屏幕，虽然iPhone6s与iPhone 6的屏幕在尺寸，分辨率以及材质方面改变不大，但关键是iPhone6s搭载了一块与Apple Watch相似的按压式触摸屏，从平面的触摸上升到了三维层次，但与Apple Watch不同的是iPhone6s的3D Touch压力触屏功能相对于在Apple Watch上的应用会更加广范和强悍。
而HTC One M9屏幕尺寸维持在了5英寸，这也是目前安卓旗舰手机最常见的屏幕尺寸，可以很好地保证单手操作体验和视觉效果。屏幕分辨率为1920×1080像素，1080P屏幕带来的好处就是能够保证手机操作流畅，不会因为过高的分辨率而拖累手机运行速度。
系统方面，上搭载的当然是全新的iOS 9。最为重要的是iOS 9对3D Touch进行了适配，让触摸体验不仅限于UI平面。
而HTC One M9搭载了Android 5.0操作系统， Android 5.0以及骁龙810处理器很好地保证了手机操作的流畅度。另外，M9还搭载了HTC自家引以为傲的Sense 7.0界面，不过相比6.0来说变化并不是很大。
配置方面，iPhone6s搭载了一颗全新的苹果A9处理器，采用14nm制程工艺(暂不确定)，采用3核心架构，主频为1.85GHz，而GPU方面则为双核架构。
而HTC One M9搭载了目前最强的高通骁龙810处理器，运行内存提升至3GB，存储空间也提升为32GB，同时支持内存卡扩展。
摄像头作为iPhone6s硬件升级的一个重点，与前几代祖传的800万像素摄像头不同的是，iPhone6s搭载了一枚1200万像素摄像头，有力提高了相机的解析力，而像素经过重新构建，像素点之间的干扰信号更少(像是三星的ISOCELL技术)，更高效地利用光，让画面的噪点更低，色彩更通透。
而HTC One M9背部采用一颗2000万像素的摄像头，并采用蓝宝石玻璃镜头材质，透光率更佳。而前置方面M9采用410万像素前置摄像头，并运用自家的Ultrapixel技术，弱光拍摄效果更佳，快门速度也能够得到保证。